Σήμα του Πανιωνίου είναι η ασπίδα σε κόκκινους και μπλε χρωματισμούς και εκτός από την πλήρη ονομασία της ομάδας (Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης) αναγράφεται και η χρονολογία ίδρυσής του (1890).
Τα χρώματα της ομάδας συμβολίζουν το αίμα των Ελλήνων που χύθηκε κατά την Μικρασιατική καταστροφή και το μπλε του Αιγαίου και της Ελλάδος.
