Το πρώτο σήμα του ΠΑΟΚ ήταν το τετράφυλλο τριφύλλι με το πέταλο και τα αρχικά γράμματα της ομάδας πάνω σε κάθε φύλλο, έμβλημα που διατήρησε η ομάδα μέχρι τις 20 Μαρτίου 1929. Τότε, σε κοινή σύσκεψη των διοικητικών συμβουλίων του ΠΑΟΚ και της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης αποφασίστηκε να συγχωνευθούν και ο ΠΑΟΚ να απορροφήσει τα τμήματα των άλλων αθλημάτων που είχε η ΑΕΚ, της οποίας το ποδοσφαιρικό τμήμα είχε διαλυθεί το 1927. Η επιλογή του σήματος με τον δικέφαλο αετό που είχε η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης επικράτησε, αφού ήταν το έμβλημα της Ένωσης Κωνσταντινουπολιτών Θεσσαλονίκης που είχε ιδρυθεί το 1924 ως σύλλογος για την επικοινωνία και την αλληλεγγύη των προσφύγων της Πόλης. Οι ιδρυτές και των δύο ομάδων προέρχονταν από τους κόλπους αυτής της Ένωσης, η οποία στο αρχικό καταστατικό της προέβλεπε στο άθρο 27 : “Εάν εν τω κοινωνιολογικώ τμήματι ιδρυθή και Αθλητικόν Τμήμα δύναται τούτο να να καταρτησθεί ανεξάρτητον και υπό ιδίαν ονομασίαν, συμφώνως προς τους κανονισμούς της Ολυμπιακής Επιτροπής”. Το πρώτο αθλητικό τμήμα ιδρύθηκε ένα χρόνο μετά, τον Ιούνιο του 1925, εξελίχθηκε στην ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, η οποία απορροφήθηκε από τον ΠΑΟΚ το 1929. Το έμβλημα του ΠΑΟΚ, ο βυζαντινής προέλευσης Δικέφαλος Αετός, αποτελεί σαφή αναφορά στις ρίζες του συλλόγου που έλκονται από την Κωνσταντινούπολη, μιας και ιδρυτές του Συλλόγου ήταν πρόσφυγες από την Πόλη. Από το καλοκαίρι του 2013 το έμβλημα ανανεώθηκε, έγινε πιο δυναμικό και προστέθηκε μια χρυσή λεπτομέρεια, για να τονιστούν ακόμη περισσότερο οι βυζαντινές ρίζες του ΠΑΟΚ. Αυτή η εξέλιξη ήταν μια φυσική συνέχεια που συμβαδίζει με αυτήν της ίδιας της ομάδας, η οποία εισήλθε σε μια νέα εποχή, ενώ παράλληλα το έμβλημα του ΠΑΟΚ διατηρεί άρρηκτο τον δεσμό του ιστορικού παρελθόντος με το μέλλον.