Το έμβλημα του Απόλλωνα Σμύρνης φέρει την προτομή του Απόλλωνα Μουσηγέτη, ο οποίος σύμφωνα με την Ελληνική μυθολογία ήταν ο ηγέτης των εννέα Μουσών. Συμβολικά είναι και τα χρώματα του εμβλήματος, αλλά και της ομάδας, το γαλάζιο και το λευκό, δηλαδή τα «κυανόλευκα» χρώματα της Ελλάδας, της ελληνικής σημαίας, μέσω των οποίων σε δύσκολες εποχές προέβαλαν τον ελληνικό χαρακτήρα της ομάδας.
