Το έμβλημα του Ηρακλή έχει αλλάξει στην πάροδο των χρόνων. Το επίσημο λογότυπο της ομάδας ήταν ένα κεφαλαίο «Η», το πρώτο γράμμα της λέξης ΗΡΑΚΛΗΣ, πλαισιωμένο από έναν κύκλο. Μετά το 2000, και όταν τα ηνία της ΠΑΕ ανέλαβε ο Ευάγγελος Μυτιληναίος, το λογότυπο άλλαξε για ακόμα μία φορά, σε μία πολύ πιο μοντέρνα εκδοχή. Κατά τη διάρκεια της περιόδου 2008-2009, η ομάδα χρησιμοποίησε ένα ειδικό σήμα, το οποίο σχεδιάστηκε αποκλειστικά για την εκατονταετηρίδα της. Το έμβλημα που χρησιμοποιείται τώρα, απεικονίζει τον ημίθεο ΗΡΑΚΛΗ να ξαποσταίνει πάνω στο ρόπαλό του, μία εικόνα εμπνευσμένη από το άγαλμα του Φαρνέζιου Ηρακλή, πιστό αντίγραφο του αγάλματος που φιλοτεχνήθηκε από τον Λύσιππο, τον 4ο αιώνα π.Χ