Στο συνεταιρισμό λειτουργεί, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, Πρωτοβάθμιο Μονομελές Πειθαρχικό όργανο για την εκδίκαση παραβάσεων που προβλέπονται από τις διατάξεις των κανονισμών αγώνων των οικείων Πρωταθλημάτων και την επιβολή των αντίστοιχων ποινών, η οποία διορίζεται από την επιτροπή εκτάκτων θεμάτων του άρθρου 41 του καταστατικού της ΕΠΟ για θητεία τριών ετών.